Od pada Venecije, 1797. godine, uslijedit će kratka razdoblja prve austrijske dominacije i Napoleonove vladavine, a onda više od stotinu godina staroaustrijske, odnosno Austro-ugarske monarhije, najvećima pod krunom cara Franje Josipa Prvog.
Fažanski kanal zaštićen brijunskim otočjem i specifičnim uzdužnim položajem, nebrojeno je puta kroz povijest pomogao mornaru da se skloni od nemirnoga mora i bio svjedok bitaka oko premoći nad morem i uzurpiranim pokrajinama.
Razvitkom pulske luke u glavnu ratnu luku Austrijske ratne mornarice (K. K. Kriegsmarine), fažanski kanal postaje pomoćno ratno sidrište, čini nastavak pulskog zaljeva, a branjen je bitnicama na Velom Brijunu, Rtu Christo na južnom prolazu, dok je sjeverni prolaz branjen od same flote. Zbog tih karakteristika sidrenje u fažanskom kanalu omogućavalo je ratnoj floti bržu mobilnost i pružala veću sigurnost od neprijateljske blokade nego u pulskoj luci.
Iz fažanskog kanala krenula je – u vrijeme vladavine Stare Austrije – prema Visu flota pod zapovjedništvom Wilhelma von Tegetthoffa. Tamo se 1866. godine odvijala znamenita Viška bitka, pobjedom Tegetthoffove mornarice.
Brigom novog vlasnika Brijuna, bečkog industrijalca Paula Kupelwiesera – koji je na Otočje prvi put doplovio 1893. godine – počinje se vraćati život na zapušteni arhipelag. Velikom Brijunu najvećem od 14 otočića, Kupelwieser vraća sjaj antike, zapravo ga nadmašuje…Nakon što je angažmanom znamenitog znanstvenika i liječnika – potonjeg nobelovca – Roberta Kocha početkom 20. stoljeća s Brijuna iskorijenjena malarija, počinje procvat Otočja kao lječilišta i mondenog ljetovališta. Godine 1900. podignut je prvi hotel – <Brioni>. Kao mjesto tranzitne lučice, prosperira i Fažana pa su tako 1912. godine na ovdašnjem sidrištu registrirana 1.034 broda.
